Theo đó, Thông tư quy định:

1. Về cơ cấu tổ chức: Trung tâm Y tế huyện có Giám đốc, các Phó Giám đốc; số lượng các Phó Giám đốc thực hiện theo quy định của pháp luật.

2. Các Phòng chức năng Trung tâm Y tế huyện: Phòng Tổ chức - Hành chính; Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ; Phòng Tài chính - Kế toán; Phòng Điều dưỡng.

3. Trung tâm y tế huyện bao gồm 15 khoa chuyên môn, cụ thể:

- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS;

- Khoa Y tế công cộng và Dinh dưỡng;

- Khoa An toàn thực phẩm;

- Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản;

- Khoa Khám bệnh/Phòng khám đa khoa;

- Khoa Hồi sức cấp cứu;

- Khoa Nội tổng hợp;

- Khoa Ngoại tổng hợp;

- Khoa Nhi;

- Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;

- Khoa Liên chuyên khoa (Răng Hàm Mặt - Mắt - Tai Mũi Họng);

- Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế;

- Khoa Truyền nhiễm;

- Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn;

- Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh.

Thông tư  này có hiệu lực thi hành từ ngày 10/12/2016 và bãi bỏ Quyết định số 26/2005/QĐ-BYT.