Quy định trên được hiểu rằng, từ ngày 01/01/2016, trường hợp cá nhân nộp thuế khoán có sử dụng hoá đơn của cơ quan thuế thì doanh thu tính thuế được căn cứ vào doanh thu khoán và doanh thu trên hoá đơn, không phân biệt hoá đơn sử dụng theo quyển hay hoá đơn sử dụng lẻ theo từng số. Nghĩa là cá nhân kinh doanh phải đóng thêm thuế riêng cho các hóa đơn mua thêm, ngoài khoản thuế đóng dựa trên doanh thu khoán.

So với quy định hiện hành theo Thông tư số 111/2013/TT-BTC thì đây là một điểm mới. Bởi lẽ, theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC thì có hai trường hợp cần phân biệt là sử dụng hóa đơn theo quyển và hóa đơn lẻ. Trong đó, trường hợp cá nhân kinh doanh nộp thuế khoán sử dụng hoá đơn quyển, nếu doanh thu trên hoá đơn thấp hơn hoặc bằng doanh thu khoán thì cá nhân chỉ phải nộp thuế khoán; nếu doanh thu trên hoá đơn cao hơn doanh thu khoán thì ngoài việc nộp thuế khoán cá nhân phải nộp bổ sung thuế đối với phần doanh thu trên hoá đơn cao hơn doanh thu khoán. Còn nếu cá nhân kinh doanh nộp thuế khoán sử dụng hoá đơn do cơ quan thuế bán lẻ theo từng số thì nộp thuế khoán đồng thời khai và nộp thuế đối với toàn bộ doanh thu trên hoá đơn theo từng lần phát sinh.

Bên cạnh đó, cũng theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC các cá nhân kinh doanh còn chịu thêm một số nội dung quản lý. Cụ thể, cá nhân kinh doanh sử dụng thường xuyên từ 10 lao động trở lên phải thành lập doanh nghiệp theo quy định của Luật doanh nghiệp; trường hợp chưa thành lập doanh nghiệp, cơ quan thuế ấn định nộp thuế theo phương pháp khoán, đồng thời lập danh sách những cá nhân kinh doanh này báo cáo cơ quan quản lý nhà nước về đăng ký kinh doanh. Đặc biệt, đây cũng là đối tượng có rủi ro khi cơ quan thuế áp dụng quản lý thuế theo phương pháp rủi ro. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 30/7/2015, riêng đối với cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán có sử dụng hoá đơn của cơ quan thuế thì áp dụng cho kỳ tính thuế từ ngày 01/01/2016./.