Thông tư này hướng dẫn chi tiết thi hành khoản 2 và 3 Điều 74 của Luật thú y, cụ thể như sau: - Danh mục động vật thuộc diện phải kiểm soát giết mổ; Danh mục đối tượng thuộc diện phải kiểm tra vệ sinh thú y; Danh mục đối tượng kiểm tra vệ sinh thú y; Quy trình kiểm soát giết mổ động vật; quy trình, hồ sơ kiểm tra vệ sinh thú y; mẫu dấu kiểm soát giết mổ, tem vệ sinh thú y; quy định việc xử lý động vật, sản phẩm động vật không bảo đảm yêu cầu vệ sinh thú y.

Thông tư này áp dụng đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài có liên quan đến hoạt động giết mổ động vật trên cạn, sơ chế, chế biến động vật, sản phẩm động vật, kiểm tra vệ sinh thú y trên lãnh thổ Việt Nam.

Thông tư quy định về nguyên tắc xử lý đối với động vật, sản phẩm động vật không bảo đảm yêu cầu vệ sinh thú y như sau:

- Phải thực hiện ngay và được cơ quan thú y, nhân viên thú y hướng dẫn, giám sát, kiểm tra.

- Những người trực tiếp thực hiện xử lý động vật mắc bệnh, sản phẩm động vật mang mầm bệnh nguy hiểm phải được trang bị bảo hộ lao động.

- Địa điểm xử lý vệ sinh thú y phải được cơ quan có thẩm quyền cho phép.

- Địa điểm, trang thiết bị, dụng cụ xử lý phải được vệ sinh, khử trùng sau mỗi lần xử lý.

- Chủ động vật phải chịu mọi chi phí trong thời gian nuôi cách ly, theo dõi.
- Chủ lô hàng sản phẩm động vật phải chịu mọi chi phí bảo quản sản phẩm động vật đến khi có kết luận của cơ quan thú y.

Thông tư số 09/2016/TT-BNNPTNT có hiệu lực thi hành kể từ ngày 16/7/2016.