Theo đó, nguyên tắc thực hiện kết luận thanh tra như sau:
Kết luận thanh tra phải được đối tượng thanh tra, cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan thực hiện nghiêm chỉnh; Các sai phạm được xác định cụ thể, rõ ràng trong kết luận thanh tra phải được xử lý nhanh chóng, nghiêm chỉnh; kiến nghị, yêu cầu trong kết luận thanh tra phải được xem xét, xử lý kịp thời theo quy định của pháp luật; Kết luận thanh tra phải được cơ quan nhà nước, cá nhân có thẩm quyền theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện; Nội dung đang được thanh tra lại, nội dung kết luận thanh tra xin ý kiến chỉ đạo mà chưa có ý kiến chỉ đạo xử lý của người có thẩm quyền thì chưa bắt buộc phải thực hiện.
Xử lý cán bộ, công chức, viên chức, người có hành vi vi phạm
Căn cứ phân cấp quản lý, sử dụng cán bộ, công chức, viên chức, thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp với cơ quan ban hành kết luận thanh tra có trách nhiệm: Chỉ đạo việc tổ chức kiểm điểm, xác định rõ trách nhiệm của tập thể và cá nhân có hành vi vi phạm; Tiến hành thủ tục xử lý kỷ luật, ban hành quyết định xử lý kỷ luật cán bộ, công chức, viên chức, xử lý người có hành vi vi phạm thuộc thẩm quyền quản lý trực tiếp; yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc thẩm quyền quản lý xử lý kỷ luật cán bộ, công chức, viên chức, xử lý người có hành vi vi phạm pháp luật thuộc thẩm quyền quản lý của cơ quan, tổ chức, cá nhân đó; Kiến nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền xử lý kỷ luật cán bộ, công chức, viên chức, xử lý người có hành vi vi phạm pháp luật thuộc quyền quản lý của cơ quan, tổ chức đó.
Thẩm quyền, trình tự, thủ tục xử lý kỷ thuật cán bộ, công chức, viên chức, xử lý người có hành vi vi phạm pháp luật được thực hiện theo quy định của pháp luật về cán bộ, công chức, viên chức, pháp luật về lao động và pháp luật có liên quan
Khắc phục sơ hở, yếu kém trong quản lý, hoàn thiện chính sách, pháp luật: Đây là một trong những nội dung rất mới và là kênh quan trọng để cơ quan quản lý nắm bắt kẻ hở pháp luật nhằm điều chỉnh chính sách, hoàn thiện pháp luật:
Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được kết luận thanh tra, thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp với cơ quan ban hành kết luận thanh tra có trách nhiệm: Chỉ đạo cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý áp dụng biện pháp cần thiết để kịp thời khắc phục sơ hở, yếu kém trong quản lý, đình chỉ, chấm dứt hành vi vi phạm, hủy bỏ, bãi bỏ, đình chỉ việc thi hành văn bản có nội dung trái pháp luật, hoàn thiện chính sách, pháp luật; Trong phạm vi trách nhiệm của mình, kịp thời áp dụng các biện pháp để khắc phục sơ hở, yếu kém trong quản lý; hủy bỏ, bãi bỏ, đình chỉ việc thi hành văn bản có nội dung trái pháp luật, hoàn thiện chính sách, pháp luật; Kiến nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền áp dụng các biện pháp để khắc phục sơ hở, yếu kém trong quản lý, đình chỉ, chấm dứt hành vi vi phạm, ban hành hoặc hủy bỏ, bãi bỏ, đình chỉ việc thi hành văn bản có nội dung trái pháp luật, hoàn thiện chính sách, pháp luật.
Trình tự, thủ tục đình chỉ, hủy bỏ, bãi bỏ, sửa đổi, bổ sung, ban hành văn bản quy phạm pháp luật, văn bản mang tính chất chỉ đạo, điều hành nhưng có nội dung trái pháp luật thực hiện theo quy định của pháp luật về ban hành văn bản quy phạm pháp luật và văn bản pháp luật khác có liên quan. Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/5/2015. Bãi bỏ Điều 56 và Điều 57 Nghị định số 86/2011/NĐ-CP ngày 22/9/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra./.