Ngày 25 tháng 10 năm 2016 Bộ Y tế ban hành Thông tư số 37/2016/TT-BYT về cơ cấu của Trung tâm Y tế huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố thuộc thành phố trực thuộc Trung ương.
Theo đó, Thông tư quy định:
1. Về cơ cấu tổ chức: Trung tâm Y tế huyện có Giám đốc, các Phó Giám đốc; số lượng các Phó Giám đốc thực hiện theo quy định của pháp luật.
2. Các Phòng chức năng Trung tâm Y tế huyện: Phòng Tổ chức - Hành chính; Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ; Phòng Tài chính - Kế toán; Phòng Điều dưỡng.
3. Trung tâm y tế huyện bao gồm 15 khoa chuyên môn, cụ thể:
- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS;
- Khoa Y tế công cộng và Dinh dưỡng;
- Khoa An toàn thực phẩm;
- Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản;
- Khoa Khám bệnh/Phòng khám đa khoa;
- Khoa Hồi sức cấp cứu;
- Khoa Nội tổng hợp;
- Khoa Ngoại tổng hợp;
- Khoa Nhi;
- Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;
- Khoa Liên chuyên khoa (Răng Hàm Mặt - Mắt - Tai Mũi Họng);
- Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế;
- Khoa Truyền nhiễm;
- Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn;
- Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 10/12/2016 và bãi bỏ Quyết định số 26/2005/QĐ-BYT.